**快的是超螺旋，其次是線性DNA，**慢的是開環DNA；
其實我們提取質粒的時候常見的是兩條帶：超螺旋和開環DNA，但是個人覺得線性的DNA也是存在的，只是量很少而已，因為質粒如果變成線性的話，其就不能進行正常復制，就會慢慢降解掉。所以提取出來的量就會很少，但是我覺得是存在的。
用酚、氯仿法從工程菌中提取的質粒一般有三種構像，即超螺旋，線形和開環。（開環質粒是指雙鏈環狀的質粒DNA有部分解鏈，因此電泳速度**慢）三種構像的質粒在瓊脂糖電泳的前后順序是超螺旋>線形>開環，線形的質粒在中間，而開環的質粒在**后。
判斷質粒質粒好壞的一個指標就是超螺旋質粒在所以質粒中的含量。因為用質粒轉染真核細胞時，超螺旋的質粒效率**高，所以要求質粒中超螺旋質粒的含量要在90％以上，這也是對作為核酸疫苗重組質粒的要求。
根據我做實驗的經驗，回答你的問題
1 從細菌中大量提取的質粒電泳時，不一定均出現三條帶，有時會出現兩條，甚**一條(一般是超螺旋的質粒)，這跟上樣量也有些關系。出現不同的結果都是由抽提質粒時的操作手法造成的。如果嚴格按照操作步驟，超螺旋的質粒會較多。
2 酶切將質粒線性化以后，才可以用mark判斷大小。如果有三種構像，可以用中間那條帶與mark比較判斷大小。
3 商品化的質粒我沒有直接跑過電泳。我估計應該大部分是超螺旋構像。
4 酶切后線性化條帶電泳時所處的位置就指示質粒的大小
首先得搞清楚，你用得內切酶在質粒序列中（包括你克隆的基因）總共有幾個位點？如果2個以上，出現上述結果就比較好解釋了。 可以將酶切前后得質粒一起跑電泳，比較一下，酶切后得四條帶與酶切前兩條帶得大小是否有差異。
部分酶切也是有可能的，原因是你的質粒量太大，酶沒有作用完?；蛘呤敲富盍Σ粔?酶量太少。
質粒提取比較好的情況下，**前面得超螺旋構像較多。假如提取質粒時，加溶液II以后，劇烈地振蕩，你就會發現，在質粒電泳圖中，開環構像比例很高，甚**會超過超螺旋構像的亮度，也就是說這種質粒質量很差。
1，提質粒**好用kit?，F在國內、國外的提質粒kit很多，質量都不錯，價格也不貴。一般提取1－5ml菌體質粒的一次反應，可能就3－5元人民幣，半小時時間，一臺普通臺式離心機（可以不帶制冷的）。提取的質粒質量很好，一般都是超螺旋的，進行常規的分子生物學反應都沒有問題，且很少RNA和基因組DNA污染。一句話：省時省事質好。用酚氯仿等抽，常會影響后續的操作。
2，鑒定質粒的方法。**好是測序。其次是多采用幾組酶進行雙酶切分析，再電泳檢測片斷大小與理論值是否一致。
僅僅靠電泳質粒判斷大小的方法來檢測誤差太大。一是因為質粒結構不均一，前面很多tx都提到了。二是質粒太大后，其大小本身就不易從膠上判斷準確。比如一個5kb和5.5kb的質粒其大小是不易從電泳膠上區分的。
