在測量比細胞小得多的DNA片段的長度時，微生物學家需要技巧，而最方便的方法是凝膠電泳儀。此方法依賴于DNA片段帶電的事實，它是更昂貴的方法（例如X射線晶體學）的替代方法，該方法負責發現DNA的雙螺旋結構。
由于DNA分子帶電，因此會受到電流的影響。當您將它們放在中性凝膠中并在凝膠上通電時，分子會向正極（陽極）遷移。因為不同大小的DNA分子帶有相同的電荷，所以較小的分子會更快地傳播，因此此過程將分子分成多個條帶，可以與已知大小的樣本進行比較。
該凝膠通常由瓊脂糖制成，瓊脂糖是一種多糖，在緩沖溶液中加熱后會形成半固體，微孔凝膠。在一端，凝膠形成微小的凹痕，稱為孔，研究人員將研究中的DNA樣品與已知長度的參考樣品（稱為DNA階梯）放置在一起。階梯片段的長度已經通過另一種方法例如X射線晶體學來預定。
當凝膠浸入導電溶液中并施加電壓時，碎片開始遷移通過凝膠-先是較小的碎片，然后是較大的較慢的碎片。它們最終根據大小形成類似頻譜的波段。
一旦發生這種情況，研究人員將關閉電源，用DVA結合染料注入凝膠，并在紫外線下檢查樣本。使用梯子作為參考，研究人員可以確定可見帶中每個片段的大小。只有條帶可見–單個DNA片段太小而看不見。
并非樣品中的每個譜帶都有可能與階梯上的譜帶配對，因此，為了確定這些未知片段的大小，科學家通常會繪制一個圖。x軸上的是梯子中每個頻段的行進距離（以毫米為單位），而y軸上的是每個頻段的大小。當這些點通過曲線連接時，在測量該帶行進的距離（以毫米為單位）后，可以從曲線中推斷出任何帶的大小。